Incerto è il periodo in cui fu costruita la chiesa di S. Agata. Alcuni indizi storici inducono a collocare la costruzione di questo edificio religioso tra il 1540 e il 1545. Certa, sicura e documentata è invece la consacrazione di questa chiesa che avvenne il 14 giugno 1545 ad opera di un famoso domenicano, Melchiorre Crivelli, capo del tribunale dell’Inquisizione di Milano che, in un momento di grave crisi della diocesi milanese, con l’energia e la determinazione dei domenicani, percorse tutta la Lombardia per consacrare chiese e contrastare con vigore il diffondersi delle dottrine luterane.
Basiglio all’epoca era un piccolo povero paese con una popolazione che oscillò tra gli ottocento e i 1.400 abitanti fino alla fine del 1970, in prevalenza contadini che, lottando quotidianamente per la propria sopravvivenza con il duro lavoro nei campi, campavano mediamente 50 anni in condizioni di vita disumane (elevato tasso di mortalità infantile, malattie e carestie, abitazioni fatiscenti e situazione igienica precaria). La chiesa di S. Agata era il loro luogo di culto ed il centro di aggregazione. Il primo parroco fu Don Benedetto Panigaroli.
Nel corso dei secoli la parrocchia di Basiglio fu visitata, almeno una volta, da quasi tutti gli arcivescovi di Milano.
La grande svolta nella storia di Basiglio, che portò alla sua completa trasformazione avvenne alla fine degli anni ’70 con la costruzione del moderno quartiere di Milano Tre sul terreno della preesistente cascina di Romano Paltano, frazione di Basiglio, ad opera dell’imprenditore Silvio Berlusconi. Gli abitanti dell’antico paese contadino, a seguito dello spopolamento delle campagne, erano ridotti a 390. Nel nuovo centro fu costruita la chiesa di Gesù Salvatore. Il 4 dicembre 1983 la Curia comunicò che era stata eretta la parrocchia di Gesù Salvatore a Milano Tre. Da quel momento a Basiglio erano presenti due parrocchie: S. Agata a Basiglio centro storico – parroco don Giorgio Schieppati – e Gesù Salvatore a Milano Tre – parroco don Umberto Caporali.
